Dalam rentang 1999–2004 ia diamanahkan menjadi Sekretaris Jurusan Teknik Elektro FT UNP, dan kemudian naik jabatan menjadi Pembantu Dekan II FT UNP selama tiga tahun berikutnya. Ganefri kemudian berhasil menjabat Dekan FT UNP selama dua periode, 2007–2011 dan 2011–2014.
Setelah selesai menjabat dekan, Ganefri dipercaya menjadi Ketua Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta (Kopertis, kini LLDIKTI) Wilayah X yang meliputi Sumatra Barat, Riau, Jambi, dan Kepulauan Riau periode 2014–2018.
Pada periode pertama ia dilantik sebagai Rektor UNP pada tanggal 20 Juli 2016. Ia terpilih dalam pemilihan yang dilakukan oleh senat dan perwakilan Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi pada tanggal 16 Juni 2016.
Ia berhasil mendapatkan 63 suara dari 126 suara yang diperebutkan dan mengalahkan rektor yang masih menjabat yaitu Prof. Dr. Phil. Yanuar Kiram (Rektor Periode 2012-2016).
Ganefri kembali terpilih sebagai Rektor Universitas Negeri Padang untuk periode kedua (periode 2020–2024). Ganefri yang merupakan calon petahana tersebut, berhasil unggul dari dua kandidat lainnya dengan perolehan 126 suara, dari total 131 suara yang diperebutkan.
Selain itu, seluruh data dan informasi yang tercantum dalam berita ini sesuai dengan LHKPN yang diisi dan dikirimkan sendiri oleh Penyelenggara Negara melalui elhkpn.kpk.go.id serta tidak dapat dijadikan dasar oleh Penyelenggara Negara yang bersangkutan atau siapapun juga untuk menyatakan bahwa harta kekayaan yang bersangkutan tidak terkait tindak pidana. (rdr)
